主将没有主心骨，各支守军的军长、师长们也乱了，不知道咋办。此前一直有序抗战的国军，由此开始大溃败。
12日，在宣布撤退命令当晚，唐生智随后急急忙忙，带着一干部下，偷偷乘坐他们之前早已私自藏好的小火轮，迅速北渡长江逃命。
而他身后扔下的，是当时尽管伤亡1万多人，但仍有多达13万守军的南京守城将士，以及50多万市民。
作为南京保卫战的最高统帅，唐生智，先行开溜了。
由于撤退计划太过混乱，加上部署不周，主帅先行开溜，整个南京城，由此陷入了无组织状态的大混乱之中。
当时，71军军长王敬久等人，在开完会后连部队都不通知，直接就开始逃命。
部分幸存的国军官兵回忆，说当时在前线打着打着，突然发现自己的长官不见了（逃跑了）。
然后周围的友军也开始撤退；在这种情况下，南京守军的抵抗，逐步瓦解溃败。
大批南京城内的守军和市民，当时纷纷往下关码头撤退，但长江边的大型渡船，却早已被计划“破釜沉舟”的唐生智下令撤走。
参加过南京保卫战的国军将领宋希濂后来回忆：
“下关浦口间原有两艘渡轮，每次可载七八百人，往返一次约需时45分钟。那时下午5时就天黑了，早晨要到7时才天亮，即夜间有整整14个小时可以航行。如果卫戍司令长官部的运输机关能确实掌握这两艘渡轮，则至少可以运送3万人过江，然而，他们却让这两艘渡轮开往汉口去了。留存在下关江边的，只是几艘小火轮和两三百只民船，要过江的人太多，船只却太少，各部队为抢船甚至发生枪战。”
当时，唐生智偷偷开溜，但负责守卫南京浦口的第1军，和守卫挹江门的第36师，却没有接到撤退命令，被命令“死守”的第1军和第36师，力图阻止军民撤退，挹江门由此严重堵塞，大量撤退部队与守卫江门的国军，甚至自相残杀、发生枪战。
由于大部分官兵无船可乘，将士们只好拆取附近的门板，制造木筏渡江，很多人抓着一些木板、树枝，试图游过近2000米宽的长江，但由于冬季，江水冰冷刺骨，很多士兵都在中途溺死。
有后来幸存的国军士兵描述道，当时：“人人争渡，任意鸣枪。因载重过多，船至江中，沉没者有之；因争夺船只，互相开枪毙伤者有之；将船击毁者亦有之”，“遥闻隔江嚎恸之惨，惟有相向唏嘘，默然泪下也。”
12月13日，日军分几路攻入南京城中，并开始沿马路屠杀逃跑的中国军民。
13日上午10时，日军开始围堵被围困在长江边上、无法渡江的中国溃军。
13日下午2时许，日本海军也突破了最后的江防，到达南京下关，并疯狂扫射正在渡江的中国军民。
大屠杀开始了。
当时，中国军队群龙无首、乱成一团。在这种情况下，只有宪兵司令兼南京警备司令萧山令挺身而出，迅速组织手下的1000多宪兵部队，对日军进行还击，以掩护大溃败的中国军队。
此前，萧山令有多次机会坐船撤退，但他都誓死不退，他对部下说：
“我萧某受命拱卫首都，防守无方无以对父老；杀敌不力，俯首称臣，有何面目见江东？我决心留守，与金陵共存亡。”
在与日军激战5个多小时后，萧山令手下的将士们伤亡殆尽，日军开始蜂拥而上。
萧山令继续率领官兵，端着刺刀与日军展开肉搏战，至此，留守江边的宪兵部队官兵全部阵亡，萧山令誓死不屈，最终举枪自杀，以身殉国。
萧山令殉国后，部分将士们继续零星进行抵抗，日军最终于13日傍晚，基本上占领了南京全城。
而下关一战，混乱的中国军民，被日军残杀达3万多人，2万多人溺死江中。
当时，15万南京守城部队中：有1万多人在战斗中阵亡；另有3万多人成功突围，或是渡江北撤。
但剩余10万多人，则彻底崩溃逃亡，几乎尽数被俘虏，最终被日军残忍屠杀。
对于这支此前一日还在殊死抵抗、奋勇抗战的国军，转眼间却乖乖束手投降，日军第16师团长中岛今朝吾，也感觉非常诧异，他在1937年12月13日的日记中写道:“（中国守军）是以1000人、5000人、10000人计的群体（自行投降），连武装都不能及时解除····他们己完全丧失了斗志，只是一群群地走来。”
而扔下十几万大军，和50万南京市民先行开溜的唐生智，则在12月12日夜间，亡命一般渡过长江，然后连夜徒步逃亡，接着又坐车北上。
唐生智后来对部下说：“我带兵二十年，大小百余战，从未有今日之狼狈。”
对于南京保卫战的大溃败，唐生智事后也承认失职，“窃职等奉令卫戍南京，既不能为持久之守备，又不克为从容之撤退，以致失我首都，丧我士卒”。但此后，他幸运地避过了军法处置。
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