1939年5月，副团长欧致富率3营到太岳区开展游击战争，重新组建3营。9月调回原建制，改为4营，后被派出保卫良沟兵工厂，改称良沟守备大队。期间曹光琳任团政委、李东湘代理团长。12月，欧致富任团长。
1940年10月，特务团4、7连合并为4连，组建营属机枪连，全团14个连队。团长欧致富，政委郭林祥。42年11月初，进行黄崖洞保卫战，与敌人浴血奋战8昼夜，毙伤敌1700余人，取得了敌我伤亡八比一的辉煌战果，成为八路军太行区自1940年反扫荡以来的模范战例，八路军总政治部授予“黄崖洞保卫战英雄团”称号。战斗结束后，全团进行整编，改为小团，团之下5个步兵连，2个直属连及1个卫生队，共900余人。团长欧致富，政委邹开盛，副政委陈志彬（后接任政委）。
1944年12月，特务团扩编，恢复3个营的建制，共11个连。
1945年5月，欧致富接受新的任务，带领2、3、4、5、6连、警卫通信排和机关前往游击第3支队，总部即将总部司令部警卫营、野战警卫连、总后勤部警卫大队归属特务团编制，扩编为大团，团长钟明锋，政委陈志彬。不久，陈志彬调往游击3支队，唐兴盛接任政委，钟明锋也随即调走，唐兴盛改任团长，邓家辉接任政委。日本投降后，特务团编入太行军区。
朱德警卫团后为南京军区12集团军36师108团。现任团长李广泉、政委戴学志。
军委特务营1连，1935年被红军总政治部授予“巩固部队模范红星警一连”称号，后为12集团军36师108团4连。