第3团并入泰东警卫团，划归第2军分区建制。
民国34年4月，叶飞率第1旅(时称苏中军区教导旅，由第1旅第1团、苏中第1军分区特务团、高宝dú • lì 团编成)南下，编为苏浙军区第4纵队，辖第10、第11、第12支队。
同年9月，苏浙军区部队北撤时，第4纵队先遂行掩护任务。
10月15日前后，在常州北孟河、小河镇一线渡过长江，集结于苏中黄桥地区。
第2纵队(浙东)于10月21日前后从浒浦、福山段渡江，下旬到达海安地区，与第4纵队会师。
旋即继续北上至涟水地区。11月10日，苏浙军区第2、第4纵队和苏中军区新教导旅在涟水城合编为新四军第1纵队。司令员叶飞，政治委员赖传珠。
11月21日，新四军第1纵队整编完毕后，即北上山东，原拟进军东北，后奉命留山东作战，属津浦前线指挥部领导。
次年1月17日，改称为山东野战军第1纵队。12月，曾南下江苏参加宿北战役。
第2旅“皖南事变”后，由苏北指挥部第2纵队改编。旅部驻刘庄。旅长王必成，政治委员刘培善。辖第4团(由第2纵队第2团改编)，第5团(由第2纵队第6团改编)，第6团(由第2纵队第9团改编)。
民国31年(1942年)11月，第2旅旅部兼苏中第2军分区机关，同时，第4、第5团合编为第4团。
12月，第2旅免兼苏中第2军分区。由王必成率领第4团、旅教导队以及兴化、盐城dú • lì 团各一部，南下苏南溧水里佳山地区，与第16旅合编为第16旅。
第3旅“皖南事变”后，由苏北指挥部第3纵队改编。旅部位蹇塔附近。旅长陶勇，政治委员刘先胜。辖第7团(由第1纵队第3团改编)、第8团(由第1纵队第5团改编)、第9团(由原第4团第3营渡江增援后，与苏中第4军分区地方武装一部合编)。
民国31年(1942年)秋，第3旅旅部兼苏中第4军分区机关。主力军地方化后，以第7、第8团各2个营合编为第7团。其余拆散充实地方武装。
抗日战争时期，坚持苏南地区斗争的新四军主力部队第6师。民国30年(1941年)3月上旬，由新江南指挥部改称的第2支队和由“江抗”东路指挥部改称的第3支队合并编成。师长兼政治委员谭震林。
辖第16、第18旅和江南东、西路2个保安司令部，共8000余人。次年11月1日，新四军第1、第6师领导机关合并，对外仍保留第6师番号。
第16旅民国30年(1941年)4月28日，由新江南指挥部改称的第2支队改编。旅长罗忠毅(兼)，政治委员兼政治部主任廖海涛。
辖第46团(由第2支队第4团改编)、第47团(由第3团与金坛人民抗日自卫团合编)和dú • lì 第2团。8月，组建第48团。
11月28日凌晨，第16旅旅部和苏南党政机关驻地溧阳塘马村遭日军重兵突袭，罗忠毅、廖海涛等270人在战斗中牺牲。
新四军军部令第46团团长黄玉庭、政治委员钟国楚分别代理第16旅旅长和政治委员。
不久，谭震林从江北到达溧水整顿部队。谭兼第16旅旅长，钟国楚任政治委员兼政治部主任。
民国31年4月，钟国楚任旅长，江渭清任政治委员。
此时，第16旅旅部驻溧水里佳山，继续坚持以茅山为中心的抗日根据地。
7月，击退国民党军的进攻。10月，第18旅所属第51团团部率第1营南移溧阳地区，归第16旅建制。金丹武地方党成功地接应了汪伪常州飞机场警卫营官兵280人起义，改编为第16旅dú • lì 第3团，不久编入第47团。
第1、第6师领导机关合并后，决定第2旅南移苏南根据地。
民国31年12月30日，第2旅旅长王必成率第4团、旅教导队以及兴化、盐城dú • lì 团各一部从东台出发，于民国32年1月12日到达溧水里佳山地区，与第16旅合编为第16旅。
旅长王必成，政治委员江渭清。辖第46、第47、第48、第51团和dú • lì 第2团。
民国34年1月苏浙军区成立后，第16旅改编为苏浙军区第1纵队。司令员王必成，政治委员江渭清。辖第1、第2、第3支队，计8300余人。
第18旅民国30年(1941年)3月中旬，由“江抗”东路指挥部改称的第3支队改编。旅长江渭清、政治委员温玉成。始辖第52、第53、第54团和江南保安司令部，后增编第51团。
7月，日伪军1.5万余人对苏州、常熟、太仓地区进行“清乡”。为统一指挥，第18旅将第54团在苏常太坚持斗争的第2、第3营与警卫第2团合编为东路支队(后该部在日伪军“清乡”中全部损失)。