另外，部队每到一地，肖永智还要邀请驻地附近的开明士绅来赴便宴，借座谈之机向他们宣传抗战的形势，阐明中国共产党建立统一战线，团结各方面力量，坚持抗战的主张，动员他们拥护共产党，支持八路军抗战。
这些做法深得民心，为以后建立抗日根据地和对敌斗争，创造了有利条件。
1940年5月，先遣纵队与筑先纵队合编为一二九师新八旅，张维翰任旅长，肖永智任政治委员。
同年8月，百团大战开始后，冀南军区部队攻打肥乡，肖永智、赵健民带一个营狙击邯郸敌人的增援部队。
他们在邯郸以东10多公里的公路上挖了几条一米多深的沟，然后在路北村庄边隐蔽起来。
到了中午11点钟，只见从邯郸方向开来几十辆汽车，车上的日军头顶钢盔，车前架着机枪，杀气腾腾。
因路沟所阻，汽车被迫停止，眼见一场硬战即要发生。恰在这时，肖永智接到报告，肥乡没有攻下，看到邯郸敌人增援兵力很强，肖永智果断决定，改原定的狙击方案为给敌严重杀伤即撤。
于是肖永智、赵健民指挥战士架好机枪，组织好步枪排射，待日军下车平沟时，即以猛烈火力予以杀伤。
日军下车后，随即拖着重机枪，派出小部队向前搜索，其余的则准备平沟。
这时，肖永智一声令下，部队猛烈开火，仇恨的子弹似飘泼大雨直泄敌群。日军被这突来的袭击打懵了，未等明白是怎么回事就躺倒一大片，死伤几十个。
汽车也被打得着了火。日军指挥官急得嗷嗷乱叫，慌忙组织反击。待敌轻重机枪、掷弹筒火舌齐喷时，部队已安全撤出了阵地。
在肖永智的指挥下，部队兵分3路，轮流抵抗，相互掩护，梯次后退，使敌人一点便宜也沾不到。
这次战斗，部队在强敌面前，秩序井然，大量杀伤敌人，又安全转移，战士们对肖永智指挥若定的风范无不赞扬。
1941年，肖永智去太行山北方局党校学习，是年秋学习结束回到冀南，1942年12月主力部队与军分区合并后，肖永智任冀鲁豫第三地委书记兼第三军分区政治委员。
1943年7月，第三军分区划为冀南军区第七分区，冀南区党委、军区决定肖永智任第七地委书记兼分区政治委员，赵健民任分区司令员。
肖永智在冀南、鲁西北地区转战数年，组织指挥过多次战斗，打了不少漂亮仗。
1943年夏，由于日军的疯狂“扫荡”，冀南形势非常紧张，敌人的气焰很嚣张。
驻莘县的伪军，仗恃人多枪好，又有日本人撑腰，经常为非作歹，十分猖狂。
为了鼓舞群众的斗志，刹刹敌人的威风，肖永智和赵健民商量拿莘县的伪军开刀，先打距根据地最近的燕店。
随即派出团副参谋长刘墨清等人化装赶集，去燕店进行了多次侦察。了解到燕店的围寨壕沟有3米多深、寨墙3米多高，里面东西两个围子里，分驻有伪军两个中队。
肖永智同赵健民对部队进行了战前动员，布置全团的5挺机枪和步枪优秀射手组成火力组，负责封锁围堡上的枪眼，压制敌人火力。
命两个连负责攻打围堡，又组织了突击组、投弹和梯子组。
深夜12点，肖永智和赵健民亲自带队悄悄来到敌寨前。突然，敌人的岗哨发现了动静：“干什么的?”
话音刚落，八路军立即开火，机枪步枪一齐吼，串串子弹直射围堡枪眼，投弹组的战士们把一排排手榴弹准确地投入寨内，爆炸声连成一片，打得敌人晕头转向，一片混乱。
这时梯子组的战士抬起梯子猛冲上去，将梯子搭上寨墙，战士们争先恐后杀入寨内。敌人在梦里听到枪声，还未等爬起来穿上衣服，八路军的刺刀已顶在胸前，只好举手投降。
这一仗干脆利落，一下子俘敌两个小队，六七十人。
攻下燕店10多天，肖永智又指挥部队夜袭铁钟寺，用打燕店的同样手法拔掉了聊莘公路上的这个据点，消灭伪军一个中队。
两次战斗的胜利，极大地震慑了敌人，尤其是伪军们，谈起八路军便心惊胆颤，传说八路军神勇无比，窜墙上房比猴子还灵活，你睡着觉，他就进来了，简直防不胜防。
肖永智指挥作战灵活果断，是一位优秀的指挥员，在执行党的俘虏政策上，也是一位优秀的政治家。
部队攻下燕店后，俘虏了六七十名伪军，其中还有作恶多端的汉奸范队长。
群众听到消息无不欢欣鼓舞，公推有名望的开明士绅送来呈书，要求八路军枪毙他们，以儆效尤。I部队上许多指战员也认为，乡亲父老确实叫这些伪军糟踏的够呛，恨透了这些“二鬼子”，也赞同枪毙几个。
对此，肖永智很肯定地说：“不能杀，我们党的政策不杀俘虏，杀了就违犯政策。莘县的伪军有2000多人，以后我们会经常与之作战，如果杀了俘虏，他们就不敢投降了。反而会顽强抵抗，我们的伤亡也会增大，仗就不好打了。”
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