让兵器厂打造枪头和铁环，发电报让陶万悟派船送白艻子杆。在准备兵器的过程中，马祥麟开始练习阵型和强调战法、军纪。
秦良玉练兵也是讲究整体，注重军纪，一旦对敌，接到号令部队就要攻击向前，不可后退，不可停下收割首级，这些和朱由榔的军纪几乎一样，其实包括明代名将戚继光也是如此练兵。
马祥麟将士兵每25人分为一组，菱形站位，强调战斗中及时补位，始终是一个整体，进退有序。而且，他认为能形成战斗力的最小兵力是500人，这和朱由榔部队的编制有冲突，最后朱由榔同意按马祥麟的意见进行训练，并为马祥麟准备了3000人，组成6个500人队伍。
朱由榔的意思是训练起来看，如果真的有用，那将来一个营可以按照一个白杆兵连500人，2个火枪连400人，一个炮连350人，加上营直属连队，这样一个营就将近1500人了。一个团三个这样的营，加上直属及其他，就要5000人了，比原来的编制多了1000人。
20天后，兵器制作完毕，马祥麟开始正式训练，朱由榔开始的时候注意了几天，随后就被别的事情吸引，关注度也就越来越低。
有一天，朱由榔再去看马祥麟练兵，却看到了朱由榔不愿意看到的一幕：马祥麟正在鞭打士卒，问过才知道，原来是被鞭打的那几个士兵没完成规定的动作。
朱由榔反对鞭打士兵，他对付不能完成规定动作的士兵的方法是连坐，就是一个士兵做得不好，他所在的最小单位要集体加练甚至集体挨饿，再大一级单位的领导也要被罚。什么意思呢，就是一个小兵不能完成规定动作，那一个小旗10人或12人要一起加练或不给饭吃，而这个士兵所在排的排长也要陪着。
等马祥麟鞭打士卒结束，朱由榔将马祥麟叫到一边，花了很长时间向马祥麟介绍了自己的原则和方法，好在马祥麟接受了朱由榔的要求。