刘少奇深入基层，调查研究，发现问题，解决问题。在他的正确领导下，到7月底，初步完成了淮南根据地政权建设的任务，其中包括在12个县建立了抗日民主政权。基本上实现了党中央和中央军委“将皖东全部、江苏一部化为巩固的根据地”的指示。
在此期间，津浦路东的县、区、乡党组织普遍建立，原来的党组织由秘密转为公开。八个县的区、乡政权相继建立，地区性的政权机构路东联防办事处和军事组织联防司令部也组建起来。
联防办事处主任是贺希明（后邓子恢），联防司令是杨梅生，政委陈庆先（后刘顺元）。
联防办事处成立后，制定和颁布了《临时施政纲领草案》，和惩治汉奸、减租减息的条例。作出了“三七分租，二五减租”的“分半给息”、“老债停息还本”和取消国民党的一切苛捐杂税等规定，实行了征收公粮合理负担的新现定。
在路东根据地的建设过程中，五支队抽调了大批干部予以支援。除支队政治部主任方毅调任路东省委书记外，联防司八部和不少县的党政军干部，也是由五支队派去的。
如八团政委陈庆先调去担任联司的政委，来安县的县委书记、嘉山县的县长和军事科长，盱眙县的县长和县总队副及政治处主任，都是五支队派出的。
为了加强地方武装建设，还以五支队的十五团、特务营和江北指挥部一个连为骨干，组建了路东第一二三四dú • lì 团；十团扩充的游击队也分别调给盱眙、嘉山组建警卫部队。
由于有了根据地，军队的兵员补充和物资来源也即有了可靠的保障。从而为坚持敌后抗战创造了良好的条件。
反“扫荡”反bào • luàn ，淮南抗日根据地的建立，被日伪顽视为心腹之患，他们默契配合，互相利用，千方百计地要将她扼杀在“摇篮”之中。
1940年5月，日军调集重兵，对我淮南地区进行疯狂扫荡。中旬，在路西，奔袭藕塘镇，占我定远城。
在路东，日军一部由明光出动，占我津里，侵入盱眙，嘉山地区。另一部千余人，由滁县、沙河集出动，于27日再占来安城，企图围攻我军，抢走民粮。
五支队八团和十团一营，在罗炳辉司令指挥下，首先反击来安之敌。
28日3时，我军突然发起三路进攻，把日伪军打得晕头转向，不敢出战，凭坚据守。
我遂采用火攻，一时浓烟冲天烟尘滚滚，遮天蔽日。叫喊声，喊杀声震动全城。许多敌人不是葬身大火之中，就是死于枪弹之下。
拂晓，敌从滁县开来18辆汽车的援兵，在百石山遭我军顽强阻击，退回滁县。来安之敌也弃城逃走。
这次战斗，共歼敌“数百名”，这就是著名的新四军“来安火烧阵”。
五支队在来安取得胜利后，又引兵向西对津浦线上的乌衣、担子街、滁县城、沙河集、张八岭、嘉山集据点及附近的铁路进行破袭战，配合路西兄弟部队反“扫荡”。
然而，我军刚刚取得对日反“扫荡”的胜利，桂顽又在路西燃起了战火。
6月中旬，顽军一三八师和第十游击纵队等部，进入全椒古城集、青龙厂等地。
我军为了团结抗战，呼吁桂顽顾全大局，停止进攻。
但桂顽一意孤行，继续向我进逼，我军被迫进行自卫还击。
6月下旬，四支队在古城集向顽军开战，我五支队八团和十团一营配合四支队，在拦杆集、鸡鸣桥重创顽军。
这次战斗，共歼顽军1000余人，其余顽军败回八斗岭一带。桂顽再一次同意以淮南铁路桥为界，分区抗日。
在这次反磨擦斗争中，八团政委刘树藩不幸牺牲。
我军在路东和路西分别进行了反“扫荡”反磨擦斗争之际，路东的fǎn • dòng 地主即在韩顽、桂顽的策动下，网罗一批地痞、流氓，积极发动fǎn • gé • mìng 武装bào • luàn 。
7月初，来安屯仓fǎn • dòng 地主余安邦，首先打出罪恶的黑旗，残酷杀害抗日民主政府牛默然区长等20余名。接着，盱眙地区的bào • luàn 分子，先后杀害了开明人士肖石臣和嘉山县保安分处主任（公安局长）。
嘉山县戴港fǎn • dòng 头子罗秀文武装包围游击队，杀害大郢乡乡长丁臣坦。
汉奸地主候之坦煽动bào • luàn 分子杀害乡党总支书记李键。
还有很多很多……
对于这次fǎn • dòng bào • luàn ，刘少奇及时指出，我们取得胜利后，敌人一定会进行反扑。fǎn • dòng 地主bào • luàn ，就是这种反扑的表现。只有彻底消灭这种叛乱，根据地才能保持稳固。
第五支队根据中原局、江北指挥部的指示，专门抽出力量来平定叛乱。
十团首先击溃配合叛乱的韩顽两个团，歼灭侵入金沟的顽军七八百人。接着攻下黎城下的上庄园子，消灭季兴桥叛乱分子一百余人。活提一批叛乱头目和骨干分子。
政府对受害干部和群众进行了抚恤和救济，对参加叛乱的胁从分子和悔过自新的头目予以宽大处理。抗日根据地得到了巩固和发展。
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