日伪军在“清乡”区内还增设据点，其小股部队在各个据点附近不断搜索“可疑”分子。
针对日伪的“清乡”，新四军吸取苏常太反“清乡”的教训，在日伪军强力“扫荡”之前及时将主力部队全部撤出“清乡”区，并对留在日伪“清乡”区的党政干部和人员进行精简。
不适合在日伪“清乡”区坚持的干部迅速撤离，留下来的干部建立秘密组织，以“合法”的社会职业做掩护。同时，成立精干的党政军一元化的武装工作队，坚持在“清乡”区内进行武装斗争。
撤出“清乡”区的部队及新四军主力主要转战于溧阳、溧水地区。当时的形势是，两溧地区往北往东是镇江“清乡”区，往西北是南京，往南是国民政府第三战区的苏浙皖边区。
新四军主力五六千人活动在这一地区，引起第三战区的警惕与不安。1943年4月初，第三战区司令长官顾祝同向蒋介石做了夸大其词的汇报。
他称，新四军“自元月中旬由江北南渡，迄现在止，计麇集丹阳西北之延陵镇及溧水西北之博望镇各千余，溧阳西北白马桥附近约万余。自3月下旬以来，迭与我保一纵队第一团及忠义救国军在上浦埠及上兴埠各附近激战。”
顾祝同估计新四军的人数超过12000人，这显然与实际不符。
他还认为新四军有进一步“南犯”国民党军驻地安徽郎溪和广德的可能性，所以决定先下手为强，令第三战区第二十五集团军副总司令陶广指挥江苏保安团第一、第四两纵队，挺进第二纵队，第五十二师，第一九二师主力及忠义救国军，开始“清剿”新四军的大规模行动。
4月12～15日，第三战区国民党军队与新四军第十六旅在两溧的云鹤山、里佳山、曹山、芝山等地发生激战。
15日傍晚，在日伪“清乡”区内的汪大铭部收到一封十万火急的电报，正是此次战斗的通报，部队等待电报译出后才进行后续安排。
第十六旅经过三天血战，主力得以保存，并被迫向敌后转移。
对于第三战区组织的“清剿”行动，新四军进行了公开的严正抗议，希望第三战区国民党军撤回原防地，并表示新四军只求在两溧境内寻找一个地区作为部队转移、休整之用，绝无任何南进意图。
但事实上，抗议并没有发生作用，从4月下旬到5月，两军之间的摩擦持续不断。
6月下旬，蒋介石还提醒顾祝同，新四军有兵分三路南下安徽郎广地区、占领皖南的意图。
事实上，新四军并无此意。不过，蒋介石的这一指示表明：多方力量聚集于苏浙皖边这一狭小地区，该地区正处在多事之秋。
不久之后，国民党军与日伪军之间又发生较大冲突。
第三战区国民党军为“围剿”新四军，从皖南挺进至苏南两溧地区，而两溧地区接近南京，故日军方面对国民党军的北进颇为不满。
9月底，板田旅团及伪军共2000人，向第三战区的苏浙皖边区“六区专署驻地”发动进攻，10月初攻下郎溪、泗安、广德等地。
国民党军方面的参战部队为忠义救国军第三纵队、挺进第二纵队和江苏保安团，但表现欠佳，失去原大块驻防地。
戴笠致电忠义救国军负责人马志超，认为该军缺乏战斗意志和团结精神，应设法鼓励士气，挽回颓势。
但挽回颓势极其困难，这场日军与国民党军之间的较量，以国民党军失去苏浙皖边区的防地和主动权为代价。
综上所述，1943年苏南地区的三种主要力量新四军、日伪军和第三战区国民党军之间屡次发生战斗，控制区域也不断变动。
新四军主力在1943年初有较大扩充，但很快面临日伪军的“清乡”和国民党军北上“围剿”，可活动回旋的余地大大变小。
无论是在日伪“清乡”区内坚持的武装，还是跳出“清乡”区的主力部队，都面临在艰苦环境中转战、坚持的严峻考验。
主力部队既不能回镇江日伪“清乡”区（当然，偶尔会突然回到“清乡”区内对日伪军进行出其不意的打击，然后撤离），也不能去国民党军驻防区，不得不在南京周围、两溧部分地区分散活动，坚持游击战。
在日伪“清乡”区内坚持的武工队，一般为便衣短枪队，他们白天隐蔽，晚上活动，根据情势选择潜伏或者打击日伪军、日伪“清乡”人员和汉奸，同时开展政治攻势，争取伪军和伪组织中的动摇分子。
可以想象，武工队在日伪“清乡”区内遭遇的重重危险和生活之不易。
时任镇丹县（镇江和丹阳一度合并成一县）太平区区长兼武工队长的范征夫回忆：日伪“清乡”最为紧张的时期，群众顾虑较多，对武工队员避而远之。
为了群众生命财产的安全，不让群众利益受到损失，武工队咬紧牙关，临时做出三项决定：
第一，不进村庄，露宿于坟山头、牛车棚、土地庙；第二，不住民房，以稻草作为铺盖，挡风抗冷；第三，不吃民食，以事先藏在地洞里的干粮充饥，以野菜度日。
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